Urodził się 23 sierpnia 1918 r. w Sanoku w zamożnej rodzinie o korzeniach szlacheckich (herbu Jastrzębiec). Jego ojciec Zygmunt wraz z żoną Marią prowadzili niewielką, ale stanowiącą nieformalne centrum towarzyskie miasta, cukiernię-kawiarnię.

Z harcerstwem związał się już w 1928 r. Zdobywał stopnie i sprawności (w 1938 r. uzyskał stopień podharcmistrza) oraz angażował się w działalność harcerską, szkoląc podkomendnych na kursach, obozach i szkoleniach. Był m. in. instruktorem Szkoły Harcerskiej w Górkach Wielkich k. Skoczowa, prowadzonej wówczas przez autora „Kamieni na szaniec” Aleksandra Kamińskiego.

Po zdaniu egzaminu dojrzałości w 1938 r. w Państwowym Gimnazjum Męskim im. Królowej Zofii w Sanoku, wstąpił do Szkoły Podchorążych Rezerwy Kawalerii w Grudziądzu. Po jej ukończeniu, tuż przed wybuchem II wojny światowej, został skierowany do 20. Pułku Ułanów im. króla Jana III Sobieskiego w Rzeszowie.

Po agresji ZSRS na Polskę z 17 września 1939 r. jego pułk, ulokowany w pałacu w Pomorzanach, został otoczony przez wojska sowieckie, a żołnierze dostali się niewoli sowieckiej. Na przełomie października i listopada 1939 r. Zdzisław Peszkowski, wraz z innymi oficerami, został przewieziony do obozu w Kozielsku. Peszkowski wraz z niewielką grupą więźniów uniknął losu polskich żołnierzy, rozstrzelanych przez Sowietów w lasach katyńskich na wiosnę 1940 r.

Po zgodzie Sowietów na sformowanie armii polskiej w ZSRS, Peszkowski dotarł 9 września 1941 r. do Tockoje, i został przydzielony do 1. Pułku Ułanów Krechowieckich dywizji gen. Michała Karaszewicza-Tokarzewskiego. Został awansowany do stopnia porucznika, a następnie rotmistrza. Przechodząc z armią gen. Andersa szlak przez Irak, Iran, Indie, Egipt, Liban, Syrię, Liban, Włochy, do Anglii, dowodził kompanią w 1. Pułku Ułanów Krechowieckich. Jako oficer kulturalno-oświatowy organizował uroczystości religijne i patriotyczne oraz stworzył krąg harcerski „Podkówka”. W Iraku zdobył stopień harcmistrza, i wśród młodzieży uchodźczej w Teheranie, Isfahanie, Karaczi, Palestynie, a następnie w Indiach, w polskim miasteczku Valivade, organizował harcerskie życie. Z dniem 15 września 1946 r. został mianowany zastępcą komendanta ZHP na Wschodzie i wizytatorem wychowania harcerskiego na Indie.

Po zakończeniu II wojny światowej pozostał na emigracji. W 1948 r. rozpoczął studia w zakresie psychologii i filozofii na uniwersytecie w Oksfordzie. W 1949 r. udał się do Rzymu, gdzie podjął studia na papieskim uniwersytecie „Gregorianum”, ale już w 1950 r. przeniósł się na Polskie Seminarium im. św. Cyryla i Metodego w Orchard Lake na Uniwersytecie Wisconsin w Detroit. Tam też uzyskał stopień magistra teologii. 5 czerwca 1954 r. przyjął święcenia kapłańskie w katedrze w Detroit.

Rozpoczął pracę naukowo-dydaktyczną na fakultecie Polonijnych Zakładów Naukowych w Orchard Lake. Z tej uczelni prowadził szeroką współpracę z różnymi instytucjami naukowymi, m.in. z Polish American Historical Association. Pełnił posługę duszpasterską jako naczelny kapelan Związku Harcerstwa Polskiego na obczyźnie. Został także kapelanem Rodzin Katyńskich.

W 1990 r. ks. prałat Zdzisław Peszkowski powrócił na stałe do Polski. Podjął wówczas intensywne działania na rzecz upamiętnienia zbrodni katyńskiej. Był inicjatorem Międzynarodowego Roku Katyńskiego, ogłoszonego w 1995 r., założycielem i prezesem Fundacji „Golgota Wschodu”, która m.in. doprowadziła do stworzenia cmentarzy wojskowych w Katyniu, Charkowie i Miednoje.

26 stycznia 2006 r. Sejm RP przyjął uchwałę oficjalnie popierającą kandydaturę ks. Zdzisława Peszkowskiego do Pokojowej Nagrody Nobla. W uzasadnieniu wspomniano również o tym, że oprócz aktywności na rzecz zachowania pamięci o ofiarach zbrodni katyńskiej:

Zmarł 8 października 2007 r. w Aninie. Spoczął w krypcie w Panteonie Wielkich Polaków w warszawskiej Świątyni Opatrzności Bożej. Na inskrypcji nagrobnej został umieszczone harcerskie pozdrowienie „Czuwaj!”